המו"פ פועל כחטיבה עצמאית בתוך מיגל (מכון למחקר מדעי בגליל). למו"פ הנהלה מצומצת בראשות יו"ר המו"פ מטעם קק"ל, מנכ"ל מיגל, מנהלת המו"פ, מנהל קשרי חוץ במו"פ ונציגי חוקרים.
בנוסף למו"פ הנהלה מדעית בראשה המנהל המדעי ממינהל המחקר החקלאי, המנהל המדעי של מיגל, פרופ' רפי שטרן ומנהלת המו"פ. למו"פ יש גם הנהלה ציבורית: נציג הקק"ל כיו"ר וחברים בה מבקר המופי"ם מטעם קק"ל, המנהל המדעי והאחראי על כל ההתנהלות המדעית במופי"ם מטעם מכון וולקני – מינהל המחקר החקלאי נציג משרד החקלאות, נציג מועצת הצמחים – מנהל ענף הפירות ונציגי המועצות המוניציפליות בתחומן פועל המו"פ.
המו"פ פועל במעל 10 חוות וחלקות מחקר הפרושים בכל המרחב – החל מצמח בדרום, הגליל המערבי, חוות וחלקות בדרום, במרכז ובצפון הגולן, בעמק החולה ובגליל. האזור.